در کل، انتخاب بین خشککن حرارتی و خشککن انجمادی بستگی به نوع مواد و خواص آنها دارد. هر کدام از این روشها مزایا و محدودیتهای خود را دارند و بر اساس نیازهای خاص، یکی از آنها انتخاب میشود. معمولاً استفاده از خشککن انجمادی جهت تولید میوه، سبزیجات و صیفیجات خشک رایج نیست.